Eesti hobune on kantud Vabariigi Valitsuse 30. jaanuari 2001. a määruses nr. 42 (RT I 2001, 14, 64) toodud ohustatud taimesortide ja loomatõugude loetellu ning ÜRO FAO maailma ohustatud tõugude nimekirja.
Sellega seoses tuleb eesti tõugu hobuste aretuse korralduses lähtuda kinnitatud säilitusprogrammist.
Seltsi prioriteediks on tagada eesti tõugu hobsute populatsiooni säilimine ja kasv ning sealjuures geneetiliselt. Eesti Tõugu Hobuse Kasvatajate ja Aretajate Seltsi eesti tõugu hobuste aretusprogramm on koos säilitusprogrammiga aretustegevuse aluseks.