Eesti hobuste päritolu kohta on vähe andmeid ning sageli on kirjanduses leiduvad andmed üksteisele vastukäivad. Arvatakse, et eesti hobune kuulub tarpanist arenenud põhja metsahobuste rühma koos suure hulga teiste kohalike tõugude: soome, žmuudi, vjatka, obva, tšuvaši, mezeni, onega, olonetsi, vologda, zemgali, obi, petšora, polesje, tavda hobustega. Paljud neist on juba välja surnud või ristatud kultuurtõugudega.
Samas ei ole välistatud, et Eesti aladele rännanud inimesed tõid endaga kaasa idamaist tüüpi hobused Kaspia ja Araali vaheliselt alalt.
Eesti hobune on säilinud tänapäevani ja sajandite vältel kohalike tingimuste mõjul kujunenud selliseks, nagu me teda tänapäevalgi tunneme: väike, vähenõudlik ja vastupidav.
Esimesed kirjalikud teated Eestimaa hobuste kohta on pärit XI sajandi kuulsalt maadeuurijalt Adam von Bremenilt, kelle kirjeldus lükkas täielikult ümber väite, nagu oleks eesti tõugu hobune põlvnenud saksa rüütlite poolt kaasa toodud araabia täkkudest. Adam von Bremen nägi ja kirjeldas eesti hobust enne seda, kui rüütlite poolt sissetoodud hobuste mõju võis avalduda.
Läti Henriku kroonika (XIII saj.) nimetab eestlaste häid, vastupidavaid ja kiireid hobuseid, keda peeti tähtsaimaks sõjasaagiks.
Ajaloolised dokumendid tõendavad, et keskajal toimus hobusekasvatus suuremõõdulises ulatuses ning eesti tõugu hobuse kuulsus ulatus juba siis kaugele väljapoole Eestimaa piire. Eesti hobust kasutati nii sõjahobusena kui ka tõuparandajana ning veeti suurel arvul välja nii ostuna kui ka sõjasaagina. Paremate hobuste väljavedu tekitas suurt kahju meie hobusekasvatusele, sest nende hobuste asemele osteti sageli Venemaalt odavaid tööhobuseid või vahetati sõjaväehobustega. Eesti hobuste koosseis muutus ebaühtlaseks ning hobuste omadused halvenesid.
Üleminek kapitalismile XIX sajandi keskel ja raskemate põllutööriistade kasutusele võtmine seadis eesti hobusele senisest suuremaid nõudeid. Kuna hobust kasutati peamiselt tööhobusena, taheti teda suuremaks ja raskemaks muuta. 1856. a. asutasid mõisnikud Tori hobusekasvanduse, mille eesmärgiks oli eesti hobuse säilitamine ning tema suuremaks ja raskemaks muutmine puhasaretuse teel. See eesmärk jäi teostamata, sest ristamiste tulemusena kujundati hiljem uus kultuurtõug – tori hobune.
XIX sajandi keskel hakkasid mõisnikud importima igasugust tõugu hobuseid ning nende täkkudega paaritasid ka talupidajad oma hobuseid. Kõige innukam eesti hobuste ristamise propageerija oli akadeemik A. Middendorff, kelle arvestuste järgi oleks tulnud 30 – 40 aastaga kõik eesti hobused ümber kujundada ardennideks.
C. R. Jakobson astus ägedalt välja akadeemik A. Middendorffi vastu ning kutsus üles aretama eesti hobuseid puhtal kujul, parandades hobuste söötmis- ja pidamistingimusi. 1870. a asutas balti parun K.v. Hahn Saaremaal Uue-Lõve hobusekasvanduse, mis tegutses kuni 1908. aastani ning seal asunud araabia – orlovi ristandtäkkudega paaritati 20 aasta jooksul umbes 1000 talupoegade mära. Nende järglased ning kasvanduse likvideerimisel ümbruskonna talupoegadele ja mõisnikele müüdud hobused mõjutasid tublisti ka Saaremaa hobuseid.
Osa talupoegi hindasid siiski eesti hobust ja aretasid teda puhtal kujul edasi.
Pärast esimest maailmasõda hakati eesti hobust plaanikindlamalt aretama. Korraldati suguloomade märkimisi ning 1921. a. asutati Eesti Maahobuste Kasvatajate Selts, mille ülesandeks jäi eesti hobuste tõuraamatu pidamine. Aretuseesmärgiks oli muuta eesti hobune suuremaks ja raskemaks, kuna hobune oli peamine veojõu allikas põllumajanduses. Samuti püüti sihipärase aretusega Uue-Lõve täkkude mõju välja tõrjuda.
Sisestavaks ristamiseks otsustati kasutada suuremakasvulist soome hobust, kes põlvneb eesti hobusega ühisest põhja-metsahobusest. 1921.-1938. a. toodi Soomest 13 täkku, keda kasutati paaritamiseks väga intensiivselt. Selle tulemusena suurenesid küll hobuste mõõdud ja kehakaal, kuid halvenesid tüüp ja välimik.
Seoses hobuste kasutusotstarbe muutumisega XX sajandi seitsmekümnendatel aastatel muutus ka eesti hobuste aretussuund. Enam ei olnud vaja suuri ja tüsedaid tööhobuseid, vaid lastele ratsahobuseid ning universaalseid väikehobuseid, kellega saab nii ratsutada kui ka kergemaid talutöid teha.
1970-te aastate algul ristati endises Kõljala sovhoosis osa eesti hobuseid araabia hobustega, et saada lastele häid ratsahobuseid. Läänemaal Karuse kolhoosis ning Saaremaal Kärla kolhoosis paaritati eesti märasid šetlandi poni täkkudega, et saada väiksemaid ponihobuseid.
Praegu on põhiliseks aretusmeetodiks puhasaretus, tõukomisjoni otsusega on lubatud aretuses kasutada ka araabiaverelisi hobuseid.
Tõuaretusinspektsioon korraldas riikliku toetuse maksmist eesti hobuste tõuraamatu varssadele, et säilitada eesti hobust kui kultuuriväärtust ja lähtudes FAO bioloogilise mitmekesisuse säilitamise eesmärkidest.